Первая запись в книге приказов №1 датируется от 20 августа 1959 года. Тогда школа называлась  - восьмилетняя школа №3. С 19 апреля 1966 года приказы издаются по Алагирской восьмилетней школе С 9 сентября 1974 года приказы издаются по Алагирской средней школе №4. Первым директором средней школы №4 был Толпаров Сослан Александрович, с 11 августа 1975 года - Тазрет Борисович Сохиев (приказ №36 от 24.08.1975 года по Алагирской средней школе №4), с 12 ноября 1976 года - Цеов Сосланбек Солтанович  (приказ №125а от 12.11.1976 года) , с 11 августа 1980 года по 30 августа 2007 года - Бигаева Зинаида Валентиновна - заслуженный учитель Республики Северная Осетия - Алания. Она пользуется заслуженным успехом и уважением в республике. Именно эта обаятельная женщина собрала педагогический коллектив единомышленников, которые закладывали традиции школы и долгие годы отдавали своё сердце детям. 31.08.2007 года она передала эстафету директору Кучиевой Людмиле Дементьевне (приказ № 284 Управления образованием АМС Алагирского района от 31.08.2007 года). C 01.09.2020 года школу возглавил молодой и перспективный руководитель Догузов Виталий Арчилович.  

      С первого года своего существования школа заявила о себе как об инициаторе новых педагогических идей, проводнике передовых образовательных технологий. В 1993 году наша школа стала победительницей конкурса «Школа года». За годы работы школы сформировался слаженный педагогический коллектив, работающий на основе творческого поиска и взаимного уважения.

    У истоков основания школы стояли учителя: Назират Сахановна Дзанхотова, Дина Константиновна Атаева, Любовь Михайловна Зангиева, Роза Дзарахматовна Магкеева, Замира Александровна Каргинова, Хадизат Лазаревна Берозова, Зарема Ельмурзаевна Царакова, Марат Ибрагимович Бигаев, Татьяна Николаевна Атаева - отличник народного образования Северной Осетии, Ирина Давидовна Гурциева - отличник народного образования Северной Осетии, Зоя Георгиевна Савхалова, Нина Гавриловна Кантемирова, Тамара Михайловна Кодзаева - Почётный работник общего образования РФ, Белла Харитоновна Джериева - отличник народного образования Северной Осетии, Калоева Фатима Татариевна - Почётный работник общего образования РФ, Годизов Георгий Цоппоевич. Стаж работы каждого из этих учителей превышает 40 лет.

     Выпускники нашей школы учились и учатся во всех высших учебных заведениях Владикавказа, а также разных городов России, в том числе г. Москвы и г.Санкт-Петербурга. Среди них есть серебряные и золотые медалисты. Наши ученики принимают активное участие в различных городских и республиканских олимпиадах и конкурсах, неоднократно занимали призовые места. Школа №4 – одна из самых молодых в городе.

      В 2011-2012 учебном году школа стала структурным подразделением муниципального общеобразовательного учреждения средней общеобразовательной школы № 3 г. Алагира РСО-Алания. Объединение произошло в рамках программы модернизации образования, в соответствии с поручением председателя Правительства РФ В.В.Путина и на основании письма министра образования и науки РСО-А В.Г.Созанова за № 422 от 29.04.2011 года. Новое (полное) название школы - структурное подразделение муниципального бюджетного общеобразовательного учреждения средней общеобразовательной школы № 3 г. Алагира РСО-Алания, а краткое - СП МБОУ СОШ № 3 г. Алагира РСО-А. СП не имеет статуса  юридического лица. С 1 февраля 2014 года в названии слово "бюджетное" заменено на слово "казённое". Новое название - СП МКОУ СОШ № 3 г. Алагира. С 9 января 2018 года слово "казённое" заменено на "бюджетное".